Molecular Detection and Characterization of Mycoplasma pneumoniae and Chlamydophila pneumoniae in Southern Palestine (2015- 2017)

Abstract

Background: Mycoplasma pneumoniae; is the smallest self-replicating organism that belongs to a special class of bacteria called the “Mollicutes”. M. pneumoniae is a common etiological agent that causes community acquired pneumoniae (CAP). On the other hand, Chlamydophila pneumoniae, an intracellular bacterium and a causative agent of pneumonia. Worldwide, M. pneumoniae and C. pneumoniae together may be responsible for 3% to 43% of CAP infections. Objectives: The study aimed at developing an internally controlled multiplex qRT-PCR for the detection of M. pneumoniae and C. pneumoniae from nasopharyngeal samples collected from hospitalized patients (≥ 5 years old), in Southern Palestine. In addition, the study assessed macrolide resistance pattern of M. pneumoniae. Methods: A retrospective study was conducted using respiratory samples of 350 hospitalized patients with suspected pneumonia and hospitalized at Caritas Baby hospital between 2015-2017. All samples were subjected to multiplex qRT-PCR to determine the presence of M. pneumoniae and C. pneumoniae, moreover all positive M. pneumoniae samples were screened for macrolides resistance in the 23S rRNA. Results: Multiplex qRT-PCR showed that between 2015 and 2017 in Southern Palestine, out of 350 NPA samples, 23 (6.6%) samples were positive for both M. pneumoniae (n=17, 4.9%) and C. pneumoniae (n=6, 1.7%). Nested PCR and sequencing showed that there are 3 isolates (17.6%) that have macrolide resistance (erythromycin) in domain V of 23S rRNA in region 1 at position 2063. Conclusion: qRT-PCR for the detection of M. pneumoniae and C. pneumoniae is a sensitive test that should be used by medical laboratories to promote an accurate and iv rapid laboratory diagnostic method that will lead to improved patient care, appropriate use of antimicrobial therapy and a better understanding of the epidemiology of these two pathogens. مقدمة: المفطورة الرئوية هي نوع من انواع البكتريا و مسبب شائع اللتهابات الرئة المكتسبة من المجتمع والتي ايضا تعرف ب التهاب الرئة الالنمطية. الكالميدوفيليا الرئوية هي طفيلي داخل الخلية و مسبب لاللتهابات الرئوية المكتسبة من المجتمع. في جميع أنحاء العالم, المفطورة الرئوية و الكالميدوفيليا الرئوية هما مسؤولتان عن التهابات الرئة المكتسبة من المجتمع بنسبة بين 3% و 33%. الهدف:هدفت هذه الدراسة إلى تطوير فحص تفاعل البوليميريز المتسلسل للكشف عن المفطورة الرئوية و الكالميدوفيليا الرئوية من عينات البلعوم األنفي لألطفال المقيمين بل المستشفى و التي أعمارهم خمسة سنين و أكثر ً هدفت إلى فحص انماط المقاومة للمايكروليدات من قبل المفطورة الرئوية. من جنوب فلسطين. و أيضا مريضا ن عامي 5305 و ً المنهجية: أجريت دراسة بأثر رجعي باستخدام عينات من الجهاز التنفسي من 353 بي 5302. جميع العينات اخضعت لفحص تفاعل البوليميريز المتسلسل للكشف عن المفطورة الرئوية و الكالميدوفيليا الرئوية، بإلضافة إلى فحص عينات المفطورة الرئوية الموجبة لمقاومة المايكروليدات في الحمض النووي الرايبوزي الريبوسومي. النتائج: كشفت هذه الدراسه باستخدام تفاعل البوليميريز المتسلسل أنه في جنوب فلسطين بين 5305 و 5302 هناك . وأيضا 02.6% مقاومة ً نسبة 6.6% من المفطورة الرئوية والكالميدوفيليا الرئوية كشفت أنه هناك نسبة للمايكروليدات في عينات المفطورة الرئوية الموجبة. االستنتاج: تفاعل البوليميريز المتسلسل هو فحص فعال و حساس للكشف عن المفطورة الرئوية و الكالميدوفيليا الرئوية و يجب استعماله من قبل المختبرات الطبية لضمان تشخيص سريع و فعال لضمان رعاية مناسبة للمريض و استعمال مناسب للمضادات الحيوية و فهم أكثر النتشار هذه البكتريا في المجتمع.